核心課程
一、學士班
1. 固定必修課程︰
微積分123(2+2+2)、普通物理學乙上下(3+3)、普通物理學實驗上下(1+1)、普通化學丙(3)、普通化學實驗(1)、有機化學(3)、有機化學實驗(1)、普通生物學乙上下(2+2)、普通生物學實驗乙上下(1+1)、生化科技概論(1)、分析化學乙上下(2+2)、分析化學實驗乙上下(1+1)、生物化學一二(4+4)、生物化學實驗(2)、生物有機化學(2)、生物統計學(3)、生物物理化學上(2)、微生物學上下(2+2)、微生物學實驗 (2)、生化科技專研(1)、分子生物學(4)、生物技術核心實驗(4)、專題討論一二(1+1)、專題研究一(2)。
2. 選擇性必修：
分為 A、B 兩大群組，每一群組至少須選修一門課 (合計至少 8 學分)
● A 群組：
應用微生物與生物技術(2)、應用微生物學實驗(2)、免疫學(3)、系統微生物學(2)、微生物生理學(2)、結構生物學概論(2)。
● B 群組：
營養生化學(2)、營養生化學實驗(2)、蛋白質化學(2)、生物技術基礎與前瞻(3)、生化技術原理與應用(2)、生醫分析(3)。
二、碩/博士班
1. 固定必修課程：
碩/博士論文(0)、專題討論(1+1+1+1)、生化科技實驗法一二(1+1)、研究生入門：科學之路(1)。
2. 必選修課程：
內分泌與代謝(2)、分子遺傳學(3)、植物分子生物學(3)、生物統計學一(3)、細胞與發育生物學(3)、生物技術基礎與前瞻(3)、微生物生理學(2)、植物之二級代謝(2)、蛋白質養晶概論與實作(1)、營養流行病學(2)、營養生化學(2)、結構生物學概論(2)、生物分子動力學(2)、分子生物學(4)、經濟真菌學(2)、病毒學(2)、免疫學(3)、營養添加物與植物藥物之研發特論(2)、應用免疫學(2)、細胞生物學(3)、幹細胞與再生醫學前瞻(2)、應用微生物學與生物技術(2)、再生醫學導論(2)、酵素化學實驗(3)、系統生物技術(2)、系統微生物學(2)、酵素純化與分析(2)、生化技術原理與應用(2)、生醫分析(3)、蛋白質化學(2)、酵素分析方法(2)、蛋白質摺疊修飾與疾病(2)、微觀生物物理入門(2)、抗體生產與應用(3)、酵素純化方法(2)、蛋白質結構與功能(2)、植物細胞與組織培養(2)、植物細胞與組織培養實驗(2)、蛋白質體學(1)、基因體學(2)、蛋白質體學實驗(1)。
畢業出路
一、就學
在目前生化科技系的師資群中，研究平台可以分成以人體為主的「醫學科學」、植物與微生物體為核心之「生物科技」以及化學與工程為出發的「分子科學與生物工程」等方向。同學可依照個人興趣 在不同研究系統遊走。利用高年級專題研究課程，學生可依其志趣由各種領域實驗室擇一進行基本研究訓練，讓所學可以與第一線研發接軌。
在進一步學習各種生化及實驗工具後，即可規劃未來進入生化科學相關領域進行基礎研究或進入生物技術產業之領域進行應用研究。若規劃繼續在學術界努力，本系於 99學年度與微生物與生化學研究所(mbc)合併，設立生化科技學系碩士班、博士班，畢業可以『甄試方式』直升，馬上可以進入研究所就讀。
本系課程規劃，可供學業成績表現傑出學生有機會於3年半甚至3年提早畢業，若其同時已經甄試錄取，可立即進入研究所就讀，最快5年內即可完成大學部以及研究所的學位。
二、就業
在生命科學相關科系中，本系最大的特色，就是一個看得見「產業」，看得見「產品」的科系。例如在便利商店或是藥妝店可以看見的「生醫藥品」、「食品或功能性食品」、「酒類」、「化妝品」、「血糖計與其他生醫分析晶片」、「生化相關特用化學用品」，以及產業層級之「生物酒精」、「生醫材料」、「綠色工業」，或是醫藥生技產業中的 「植物與中草藥有效成分的開發」、「抗體藥物與免疫調節技術的研發」、「癌症療法研發」、「幹細胞與再生醫學療法研發」等。這些都是本系可以發展的就業領域。也因為唸完本系後，在生化基礎已經有相當實力，又有生物技術方面的背景知識技術，將是產業界爭相聘用的高級人才。
除了產業面向的訓練外，從事學術科學研究也是本系就業管道之一。生物、生醫領域因為從生化分子角度切入才能讓生命現象的解析更清晰明瞭。也因為從分子層次出發，擁有雙專長，也使我們的畢業生在國內外之生醫科學、植物科學、微生物科學、甚至化學領域都有傑出的表現。從中研院院士到公私立大學生化、生科到化學化工系教授都可以看到本系的畢業生。
人脈是就業的決勝點。本系前身之一的『農化系』之大學部農製組、研究所之生化組、營養科學組、生物工業組、微生物組畢業生，前後超過七十屆，都是生化科技系畢業同學的學長姐。這些畢業生當中，產生很多中央研究院院士、產業界 CEO，政府重要部門的負責人以及教授等；他們當然知道生化科技系的衍生背景，也因此都是本系同學的前輩，在上述『產、官、學』各界，將有順暢的發展管道。